Títol original:
Bioinformàtica a l'abast

Bioinformática al alcance (castellà)
Bioinformatics at your fingertips (anglès)

Autora:
Marta Coronado Zamora
Grau en Genètica

Tutor del treball: Antonio Barbadilla Prados

A mesura que els projectes genoma generen noves grans quantitats de dades, l'aplicació dels ordinadors s'està convertint en una eina essencial en el món de les ciències biològiques. La bioinformàtica neix de la necessitat imperiosa de transformar una ingent quantitat de dades de DNA en coneixement, a partir del desxiframent de les claus estructurals, funcionals i evolutives codificades en les seqüències.

Aquesta pàgina web pretén ser una guia senzilla per a aquells que vulguin iniciar-se en el món de la bioinformàtica o senten curiositat per aquesta disciplina.

Per aconseguir aquest objectiu, la pàgina es divideix en diferents seccions. Una d'elles mostra una visió general de la bioinformàtica. Dues seccions estan relacionades amb els estudis i la formació, i amb les perspectives professionals. Finalment, s'inclou un petit curs d'iniciació a la programació amb Perl pels usuaris més intrèpids que volen anar més enllà.

Com ja s'ha esmentat anteriorment, aquesta web pretén ser una guía per poder-se iniciar en el món de la bioinformàtica.

La web es divideix en diferents apartats:

1) Una part destinada a enfonsar-se de cap en el món de la bioinformàtica. Els continguts d'aquesta part se centren principalment en definir la disciplina, fer un recorregut històric al llarg de les seves fites, les seves aplicacions i en definitiva, explorar el potencial de la bioinformàtica. A més, es podran repassar conceptes importants, com les tècniques de seqüenciació.

2) Una part reservada a aquells futurs estudiants que volen conèixer quines universitats de l'estat espanyol imparteixen màsters específics de bioinformàtica. A més, també et pots informar sobre quines aptituds i característiques defineixen un bon bioinformàtic.

3) Una tercera part destinada a conèixer l'estat actual del sector bioinformàtic a nivell estatal. Aquest apartat inclou les institucions més importants i la seva organització o les variades sortides professionals que presenta. D'aquesta manera, es pretén que cada usuari pugui trobar la sortida professional que l'escau més segons el seu perfil, ambicions i interessos.

4) Una última part que inclou tot un petit curs d'iniciació a la programació amb el llenguatge PERL. Aquesta part va més encaminada a usuaris avançats amb un gran interès a aprendre a escriure els seus propis scripts. També pot servir d'ajut o recolze a aquells alumnes que estiguin fent l'assignatura en la seva carrera i vulguin practicar o reforçar conceptes.

L'àmbit principal d'aplicació és l'educatiu, la pàgina està especialment dedicada a aquells estudiants que comencin a estar interessats per la bioinformàtica per tal d'apropar-los més en aquest camp, satisfer la seva curiositat i els seus dubtes.

A més, amb el curs de PERL, els usuaris més inexperts podran aprendre a programar d'una manera senzilla; i els més avançats, consolidar els seus coneixements i practicar més.

Aquesta web està feta amb el propòsit d'atreure als usuaris a aquest món, i fer-los veure que la ciència no només es realitza als laboratoris, sinó que els ordinadors també prenen gran protagonisme.

S'ha de prendre consciència de que es necessiten més experts en bioinformàtica, i, cada cop més, tant en Espanya com en la Universitat de Barcelona, s'està apostant més per la seva formació.

És una disciplina amb grans sortides i un gran futur per endavant.

Disseny pàgina web:
Web Studio 5.0

Disseny gràfic:
Adobe Photoshop CS6
Adobe Illustrator CS6

Processador de textos:
Microsoft Office 2013
Sublime Text 2

Llenguatge de programació
ActivePerl 5.16.3 Build 1603

Navegadors:
Mozilla Firefox 20
Google Chrome
Internet Explorer 10

Altres
PowerPoint to Flash - Dreamingsoft
Autoplay Menu Designer 4.4
EndNote X6

1. ATTWOOD, T.K. and D.J. PERRY SMITH (2002). Introducción a la bioinformática. Madrid, Pearson Educación, S.A.

2. LESK, A. M. (2008). Introduction to bioinformatics. Oxford; New York, Oxford University Press.

3. XIONG, J. (2006). Essential bioinformatics. New York, Cambridge University Press.

4. GREENBAUM, D., A. SBONER, X. J. MU and M. GERSTEIN (2011) Genomics and privacy: implications of the new reality of closed data for the field. PLoS Comput Biol 7(12): e1002278.

5. BRANDON, M. C., D. C. WALLACE and P. BALDI (2009) Data structures and compression algorithms for genomic sequence data. Bioinformatics 25(14): 1731-1738.

6. VALENCIA, A. (2006) El papel de la biología computacional en España: recursos institucionales y humanos y perspectivas sobre el futuro. [9/02/13] [en línia] Disponible en web:
http://www.institutoroche.es/Biotecnologia_bioinformatica/V4.html

7. Invest in Spain. [9/02/13] [en línia] Disponible a:
http://www.investinspain.org

8. BIOLOGY @ DAVIDSON - Sequencing strategies for whole genomes - Genomics course [15/02/13] [en línia] Disponible en web:
http://www.bio.davidson.edu/courses/genomics/method/shotgun.html

9. NATIONAL HUMAN GENOME RESEARCH INSTITUTE - DNA Sequencing Costs [16/02/13] [en línia] Disponible en web:
http://www.genome.gov/sequencingcosts/

10. SANGER INSTITUTE - History - The Human Genome Project [16/02/13] [en línia] Disponible en web:
http://www.sanger.ac.uk/about/history/hgp/

11. ROSE INDIA TECHNOLOGIES PVT. LTD. - History of bioinformatics [10/02/13] [en línia] Disponible en web:
http://www.roseindia.net/bioinformatics/history_of_bioinformatics.shtml

12. DUDLEY, J. T. and A. J. BUTTE (2009) A quick guide for developing effective bioinformatics programming skills. PLoS Comput Biol 5(12): e1000589.

13. CORPAS, M., et al. (2012) How not to be a bioinformatician. Source Code Biol Med 7(1): 3.

14. AHN, S. (2011) Introduction to bioinformatics: sequencing technology. Asia Pac Allergy 1(2): 93-97.

15. AKALIN, P. K. (2006) Introduction to bioinformatics. Mol Nutr Food Res 50(7): 610-619.

16. OROZCO, A. (2008) Instituto Nacional de Bioinformática: Del gen hacia la computación biológica. Farmespaña industrial 70-75.

17. LUSCOMBE, N. M., et al. (2001) What is bioinformatics? A proposed definition and overview of the field. Methods Inf Med 40(4): 346-358.

18. LANDER, E. S., et al. (2001) Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 409(6822): 860-921.

19. BIOLOGY ONLINE - Introductory workbook on Perl for biology students [22/03/13] [en línia] Disponible en web:
http://www.biology-online.org/articles/introductory-workbook-perl-biology-students.html

20. PERL - Beginning PERL [22/03/13] [en línia] Disponible en web:
http://www.perl.org/books/beginning-perl/

21. ONYX NEON - Modern PERL: 2011-2012 edition [22/03/13] [en línia] Disponible en web:
http://www.onyxneon.com/books/modern_perl/index.html  

22. COCHRANE, G., I. KARSCH-MIZRACHI  and Y. NAKAMURA (2011) The international nucleotide sequence database collaboration. Nucleic Acids Res 39:D15–D18.

Copyright © 2013 Marta Coronado Zamora

aaaaaaaaaaaaiii